根据《中华人民共和国土地增值税暂行条例》（以下简称“《土地增值税条例》”）第二条规定，“转让国有土地使用权、地上的建筑物及其附着物（以下简称转让房地产）并取得收入的单位和个人，为土地增值税的纳税义务人（以下简称纳税人），应当依照本条例缴纳土地增值税。”即土地增值税的纳税人是“转让方”，对应的行为是“转让房地产”，而“股权转让”并未规定在应缴纳土地增值税的范围内。
但国家税务总局自2000年至今作出的函件中，对“股权转让是否缴纳土地增值税”的问题作出了个案的批复，同时不同地方的口径、相应的司法判例在此问题上并未形成统一的标准与依据，从而导致该问题具有较大争议，并对税务机关的执法产生了一定的影响。
一、税务机关的文件口径不同
1、国家税务总局的批复
（1）《国家税务总局关于以转让股权名义转让房地产行为征收土地增值税问题的批复》（国税函[2000]687号，2000年9月5日发布）
内容如下——
“广西壮族自治区地方税务局：
你局《关于以转让股权名义转让房地产行为征收土地增值税问题的请示》（桂地税报[2000]32号）收悉。鉴于深圳市**集团有限公司和深圳**投资股份有限公司一次性共同转让深圳**（钦州）实业有限公司100%的股权，且这些以股权形式表现的资产主要是土地使用权、地上建筑物及附着物，经研究，对此应按土地增值税的规定征税。”
（2）《国家税务总局关于土地增值税相关政策问题的批复》（国税函[2009]387号，2009年7月17日发布）
内容如下——
“广西壮族自治区地方税务局：
你局《关于土地增值税相关政策问题的请示》（桂地税报[2009]13号）收悉。
鉴于广西**营销有限公司在2007年10月30日将房地产作价入股后，于2007年12月6日、18日办理了房地产过户手续，同月25日即将股权进行了转让，且股权转让金额等同于房地产的评估值。
因此，我局认为这一行为实质上是房地产交易行为，应按规定征收土地增值税。”
（3）《国家税务总局关于天津**恒生转让土地使用权土地增值税征缴问题的批复》（国税函[2011]415号，2011年7月29发布）
内容如下——
“天津市地方税务局：
你局《关于天津**恒生转让土地使用权土地增值税征缴问题的请示》（津地税办[2011]6号）收悉。
经研究，同意你局关于“北京**恒生投资有限公司利用股权转让方式让渡土地使用权，实质是房地产交易行为”的认定，应依照《土地增值税暂行条例》的规定，征收土地增值税。”
2、地方税务机关的函件
（1）《安徽省地方税务局关于对股权转让如何征收土地增值税问题的批复》（皖地税政三字[1996]367号，1996年10月14日发布）
内容如下——
“黄山市地方税务局：
你局《关于省旅游开发中心转让部分股权如何计征土地增值税的请示》（黄地税一字[1996]第136号）悉。经研究，并请示国家税务总局，现批复如下：
据了解，目前股权转让（包括房屋产权和土地使用权转让）情况较为复杂。
其中，对投资联营一方由于经营状况等原因而中止联营关系，正常撤资的，其股权转让行为，暂不征收土地增值税；对以转让房地产为盈利目的的股权转让，应按规定征收土地增值税。
因此，你局请示中的省旅游开发中心的股权转让，可按上述原则前款进行确定。”
（2）《广东省地方税务局关于广东省云浮**厂转让股权涉及房地产是否征税问题的批复》（粤地税函[1998]65号，1998年4月10日发布）
内容如下——
“云浮市地方税务局：
你局云地税发［1998］004号请示悉．广东国际**投资公司为减轻国有企业的沉重负扭，保障职工生活继续得到安定，报经省人民政府批准，将其属下全资企业广东省云浮**厂的95%股权转让给香港中国**(国际)有限公司，同时以5%的股权与香港中国**(国际)有限公司成立中外合营公司．对广东省云浮**厂转让95%股权涉及的房地产是否征收营业税和土地增值税问题，经研究，现批复如下：
全资企业将其股权转让他人，不属于《中华人民共和国营业税暂行条例》和《中华人民共和国土地增值税暂行条例》规定的征税范围，不予征收营业税和土地增值税。因此，对广东省云浮**厂转让股权而涉及的房地产，不予征收营业税和土地增值税。”
（3）青岛市地方税务局关于印发《房地产开发项目土地增值税清算有关业务问题问答》的通知（青地税函[2009]47号，2009年4月17日发布）
涉及内容为：
“……十八、企业合并、分立等过程中发生的房地产权属转移是否应当征收土地增值税？
股东将持有的企业股权转让，企业土地、房屋权属不发生转移，不征收土地增值税。”
（4）《湖南省地税局财产和行为税处关于明确“以股权转让名义转让房地产”征收土地增值税的通知》（湘地税财行便函[2015]3号，2015年1月27日发布）
内容如下——
“各市州地方税务局财产行为税科：
据各地反映，以股权转让名义转让房地产规避税收现象时有发生，严重冲击税收公平原则，影响依法治税，造成了税收大量流失。
总局曾下发三个批复明确 “以股权转让名义转让房地产”属于土地增值税应税行为。为了规范我省土地增值税管理，堵塞征管漏洞。对于控股股东以转让股权为名，实质转让房地产并取得了相应经济利益的，应比照国税函[2000]687号、国税函[2009]387号、国税函[2011]415号文件，依法缴纳土地增值税。”
3、简析
就国家税务总局的批复而言：“国税函[2000]687号、国税函[2009]387号、国税函[2011]415号”3个针对个案的批复文件，表明“以股权转让方式转让房地产”或“以股权形式表现的资产主要是房地产”实质是房地产交易行为，应按规定征收土地增值税。
就地方税务机关的口径而言：安徽的规定实际上作了相应区分，若“以转让房地产为盈利目的的股权转让”则“应按规定征收土地增值税”；而广东、青岛的文件则认为“股权转让不属于土地增值税征收范围”；湖南的便函则在“国税函[2000]687号、国税函[2009]387号、国税函[2011]415号”文件基础上，在省内要求统一适用“控股股东以转让股权为名，实质转让房地产并取得了相应经济利益的”则“ 依法缴纳土地增值税”。即，各地方在此问题上亦存在不同的口径。
笔者认为：
（1）税收法定原则不可违背
(i)法律法规规定了土地增值税的征税范围
根据《中华人民共和国立法法》第八条、第九条规定，税种的设立、税率的确定和税收征收管理等税收基本制度只能制定法律；第八条规定的事项尚未制定法律的，全国人民代表大会及其常务委员会有权作出决定，授权国务院可以根据实际需要，对其中的部分事项先制定行政法规，但是有关犯罪和刑罚、对公民政治权利的剥夺和限制人身自由的强制措施和处罚、司法制度等事项除外。
根据《中华人民共和国税收征收管理法》（以下简称“《税收征管法》”）第三条规定，“税收的开征、停征以及减税、免税、退税、补税，依照法律的规定执行；法律授权国务院规定的，依照国务院制定的行政法规的规定执行。任何机关、单位和个人不得违反法律、行政法规的规定，擅自作出税收开征、停征以及减税、免税、退税、补税和其他同税收法律、行政法规相抵触的决定。”
《土地增值税条例》第二条规定已明确，土地增值税是对“转让国有土地使用权、地上的建筑物及其附着物并取得收入的单位和个人”征税。
因此，股东转让股权与房地产的所有权人转让房地产是完全不同的行为，对应不同的纳税科目，不能将股东转让目标公司股权的行为与目标公司转让房地产的行为混为一谈；当目标公司股东转让其持有的目标公司股权时，目标公司并未发生房地产转让的应税行为。根据上述规定确立的“税收法定原则”，股权转让不属于土地增值税的征税范围。
(ii)不可任意对“转让”作扩大解释
就上述《土地增值税条例》第二条规定的“转让”，应理解为“直接”转让房地产，而不包括通过“股权转让”方式的“间接转让”。若任意对法律法规规定的条文内容作扩大解释，将会造成法律适用上的困扰；在相关立法解释、司法解释未对该“转让”作扩大解释的前提下，税务机关不应对此解释为包括“间接转让”而将股权转让行为视为“房地产转让”从而课以“土地增值税”。
（2）国家税务总局在该问题的批复内容上存在矛盾
对于深圳市**集团有限公司和深圳**投资股份有限公司一次性共同转让深圳**（钦州）实业开发有限公司100%的股权的事实，国家税务总局在土地增值税和营业税方面给出了完全不同的答复。
在土地增值税方面，根据国税函[2000]687号，国家税务总局认为应当缴纳土地增值税；在营业税方面，国家税务总局此后却以“国税函[2000]961号［1］”认为股权转让不属于资产转让，不缴纳营业税。
国税函[2000]961号的主要理由为“在上述企业股权转让行为中，转让方并未先将钦州公司这一独立法人解散，在清偿完钦州公司的债权债务后，将所剩余的不动产、无形资产及其他资产收归转让方所有，再以转让方的名义转让或销售，而只是将其拥有的钦州公司的股权转让给受让方。不论是转让方转让股权以前，还是在转让股权以后，钦州公司的独立法人资格并未取消，原属于钦州公司各项资产，均仍属于钦州公司这一独立法人所有。钦州公司股权转让行为发生后并未发生销售不动产或转让无形资产的行为。”
在此事件中，国家税务总局针对同一“股权转让行为”的前后批复并不一致：在土地增值税问题上将“股权转让行为”视为“转让土地使用权”，在营业税问题上又不如此看待。笔者认为，国家税务总局在该问题的批复上就“股权转让行为”与“土地使用权转让”的关系与定性存在矛盾之处，是否意味着主管机关实质上亦未就此问题达成一致意见？
（3）税务机关批复/函件不具备普遍适用的法律效力
(i) 批复/函件的性质
根据《国家税务总局关于印发<全国税务机关公文处理办法>的通知》（国税发[2012]92号）规定，“税务机关的公文种类主要有：命令（令）、决议、决定、公告、通告、意见、通知、通报、报告、请示、批复、函、纪要”；“批复，适用于答复下级机关请示事项。……上级税务机关针对下级税务机关有关特定税务行政相对人的特定事项如何适用税收法律、法规、规章或税收规范性文件的答复或者解释，需要普遍执行的，应当按照《税收规范性文件制定管理办法》的规定制定税收规范性文件”；“函，适用于不相隶属机关之间商洽工作、询问和答复问题、请求批准和答复审批事项。函分为商洽函、询问函、请求批准函、答复函、告知函。函属平行文，有隶属关系的上下级机关之间不得使用函。请求批准函仅用于向平级机关或有关主管部门请求批准相关事项”。
从形式上看，国税总局的3份“国税函”及地方税务机关的函件可归属上述“税务机关公文”，但并非税收规范性文件。
(ii) 批复/函件的适用性
根据《最高人民法院关于印发<关于审理行政案件适用法律规范问题的座谈会纪要>的通知》（法[2004]96号）规定，“下位法的规定不符合上位法的，人民法院原则上应当适用上位法。……从审判实践看，下位法不符合上位法的常见情形有：下位法以参照、准用等方式扩大或者限缩上位法规定的义务或者义务主体的范围、性质或者条件；……”
根据《中华人民共和国行政诉讼法》第三十四条规定，“被告对作出的行政行为负有举证责任，应当提供作出该行政行为的证据和所依据的规范性文件。”
即，从内容上看，上述批复/部分函件已违反上位法（如《税收征管法》、《土地增值税条例》）的相关规定，不应对相应的个案适用；退一步讲，即便相应的个案能够对应适用，亦仅为个别、特定情形，税务机关无权依据该等批复/部分函件对股权转让的相应纳税人征收土地增值税。
综上，无论是国家税务总局的个案批复，还是地方税务机关针对个案的部分函件，均为仅针对个案的内部文件、并不具有普遍适用性；同时，该等文件既非法律法规规章，亦非税收规范性文件，如果税务机关在执法中如果套用该等文件对股权转让行为征收土地增值税，存在一定的执法风险。
在《涉及土地使用权的公司之股权转让应否缴纳土地增值税问题探析（下）》中， 我们将结合具体的司法判例进行进一步分析。
［1］《国家税务总局关于股权转让不征收营业税的通知》（国税函[2000]961号，2000年11月28日发布），内容如下——
“广西壮族自治区地方税务局：
你局《关于对深圳**总公司、深圳**投资公司应当依法征收营业税的情况报告》(以下简称《报告》)(桂地税报[2000]56号)收悉。经研究，现通知如下：
据《报告》反映，1997年初，深圳市**集团有限公司和深圳**投资股份有限公司共同在你区钦州市投资创办了深圳**(钦州)实业开发有限公司(以下简称“钦州公司”)，两家分别占有钦州公司75%和25%的股份。由于受国家产业政策调整的影响，这两家公司(以下简称“转让方”)于2000年5月将其拥有的钦州公司的全部股份转让给中国**化工股份有限公司和广西壮族自治区**总公司(后两家公司以下简称“受让方”)。在签定股权转让合同时，在合同中注明钦州公司原有的债务仍由转让方负责清偿。
在上述企业股权转让行为中，转让方并未先将钦州公司这一独立法人解散，在清偿完钦州公司的债权债务后，将所剩余的不动产、无形资产及其他资产收归转让方所有，再以转让方的名义转让或销售，而只是将其拥有的钦州公司的股权转让给受让方。不论是转让方转让股权以前，还是在转让股权以后，钦州公司的独立法人资格并未取消，原属于钦州公司各项资产，均仍属于钦州公司这一独立法人所有。钦州公司股权转让行为发生后并未发生销售不动产或转让无形资产的行为。因此，按照税收法规规定，对于转让方转让钦州公司的股权行为，不论债权债务如何处置，均不属于营业税的征收范围，不征收营业税。”
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